Nguyễn Hữu Khánh Duy quê ở tỉnh Nghệ An nhưng sinh ra và lớn lên ở miền Nam. Thuở nhỏ, ông là học sinh giỏi của Trường Phan Chu Trinh, TP.Đà Nẵng. Năm 1963, ông tham gia phong trào đấu tranh chống Ngô Đình Diệm đàn áp Phật giáo. Năm 1966, ông thi đỗ vào trường Đại học Y khoa Sài Gòn và tham gia các hoạt động của Tổng hội sinh viên.