Quỹ đổi mới công nghệ quốc gia có chức năng tài trợ, đặt hàng thực hiện nhiệm vụ đổi mới sáng tạo gồm: nhiệm vụ đổi mới công nghệ; nhiệm vụ phát triển quyền sở hữu trí tuệ, nâng cao năng suất, chất lượng; nhiệm vụ hỗ trợ khởi nghiệp sáng tạo; nhiệm vụ hỗ trợ thông qua phiếu hỗ trợ tài chính (voucher)...