Nhiều HTX ký hợp đồng cung ứng rau củ quả cho các nhà máy chế biến và các hệ thống phân phối hiện đại nhưng vẫn rơi vào tình trạng thiếu hàng. Một trong số các nguyên nhân được đưa ra đó chính là sản xuất nông nghiệp phải đối mặt với mặt trái của cao điểm mùa mưa.
Ngoài việc nâng chất lượng thì đa dạng danh mục sản phẩm cũng là điều cần làm vì điều này vừa thể hiện sự sáng tạo, bắt nhịp thị trường của HTX, vừa giúp HTX hạn chế thất bại trong tiếp cận khách hàng.
Những bất cập trong chứng nhận, hay một số quy định chưa phù hợp với thực tiễn trong Tiêu chuẩn hữu cơ Việt Nam TCVN 11041:2017 đang hạn chế số HTX, đơn vị sản xuất áp dụng quy trình này.
Nông nghiệp hữu cơ cần sự đầu tư lớn từ trồng trọt, chế biến đến tiếp cận thị trường, do đó phải có sự tích lũy tốt hoặc nguồn thu khác để nuôi hệ thống này.