Ban thường trực Ban chỉ đạo Tây Nam Bộ đã quyết định kỷ luật nhiều cán bộ sai phạm về mặt chính quyền thuộc thẩm quyền Ban chỉ đạo Tây Nam Bộ trong giai đoạn từ năm 2011 - 2016.
Đến nay, Ban chỉ đạo Tây Nam Bộ đã tiến hành thu hồi và hủy hàng loạt các quyết định tuyển dụng, xếp lương với một số cá nhân.