Theo kết luận của Thanh tra tỉnh Tuyên Quang, ông Nguyễn Bá Đức - nguyên Hiệu trưởng Trường Đại học Tân Trào đã thiếu kiểm tra, chưa làm hết trách nhiệm, có nhiều sai phạm trong công tác quản lý tài chính; đầu tư xây dựng; tuyển dụng lao động; bổ nhiệm các chức vụ lãnh đạo, quản lý...
Từ năm 2018 - 2021, Trường Đại học Tân Trào đã sử dụng thanh quyết toán kinh phí chi thường xuyên theo định mức cao hơn so với số sinh viên thực tế nhập học số tiền 11,55 tỉ đồng.