Chiến thắng Vân Đồn đầu năm 1288 đã đẩy quân Nguyên vào thế cùng quẫn, phải tìm cách rút về. Tháng 4/1288, chiến thắng Bạch Đằng lịch sử thắng lợi đã kết thúc.
Cuối tháng 1.1288, đám Việt gian cùng đoàn quân hộ tống do Tỉnh đô sự hầu Sư, Vạn hộ Đạt, Thiên hộ Tiên chỉ huy vượt qua biên giới, tiến vào địa phận Lạng Sơn. Lúc này, các tin tức về sự di chuyển của địch đã được quan quân Đại Việt do thám được.
Ngoài ý nghĩa chiến thắng một trận hải chiến thì trận thắng này còn là trận đánh bản lề xoay chuyển cục diện cuộc chiến tranh Nguyên – Việt lần thứ ba.