Việc khai thác nhưng không chú trọng bảo tồn, khai thác không đúng quy định dẫn tới các nguồn dược liệu quý đang có nguy cơ tuyệt chủng nhiều hơn. Bên cạnh đó, thiên tai cũng là một vấn đề ảnh hưởng không nhỏ tới việc bảo tồn nguồn dược liệu tại các vùng đồng bào dân tộc.