Khu vực chợ Thủ Đức thường xuyên bị ngập do địa hình trũng thấp, hệ thống thoát nước yếu và kênh rạch bị bồi lắng, rác thải lấn chiếm dòng chảy.
Chợ Thủ Đức là khu vực địa hình trũng thấp, có đặc điểm như lòng chảo, đón nước từ nhiều hướng đổ về. Đây là nguyên nhân khiến khu vực này thường xuyên bị ngập sâu khi xảy ra mưa lớn kết hợp với triều cường.
Dù đã nạo vét hệ thống thoát nước cũng như cát bồi lắng nhằm tăng khả năng thoát nước ra rạch Cầu Ngang, nhưng tình trạng ngập nước tại các tuyến đường khu vực chợ Thủ Đức (TP.HCM) vẫn tiếp tục diễn ra, thậm chí còn nghiêm trọng hơn. Điều này khiến người dân ở đây lo lắng khi mùa mưa năm 2025 ở TP.HCM đang bắt đầu.