VACD chỉ ra những nút thắt thủ tục hành chính kìm hãm dòng tiền doanh nghiệp

Trong bối cảnh nền kinh tế đang đứng trước nhiều biến động khó lường, áp lực duy trì dòng tiền và ổn định hoạt động sản xuất, kinh doanh đang đè nặng lên vai các doanh nghiệp.

Dù Chính phủ và các bộ ngành đã có nhiều nỗ lực cải cách môi trường đầu tư nhưng trên thực tế, cộng đồng doanh nghiệp vẫn liên tục vấp phải những vướng mắc pháp lý phức tạp, đặc biệt là sự thiếu nhất quán trong áp dụng chính sách thuế, hải quan và thủ tục hành chính.

Nhằm kịp thời tháo gỡ khó khăn và khơi thông nguồn lực cho cộng đồng, trong văn bản gửi Liên đoàn Thương mại và công nghiệp Việt Nam (VCCI) mới đây, Hội các Nhà quản trị doanh nghiệp Việt Nam (VACD) đã chỉ ra hàng loạt rào cản mang tính hệ thống.

Bất cập chuyển tiếp chính sách và xu hướng áp dụng hồi tố

Rào cản đầu tiên được VACD chỉ ra là tình trạng các cơ quan thực thi áp dụng hồi tố các thủ tục hành chính mới vào những giao dịch đã hoàn thành trong quá khứ, hoặc thiếu hướng dẫn chuyển tiếp rõ ràng giữa các thời kỳ văn bản.

Điển hình là vướng mắc của Công ty TNHH Cảng container quốc tế Cái Lân (CICT). Năm 2010, doanh nghiệp ký hợp đồng vay vốn từ các tổ chức quốc tế như IFC, FMO và PROPARCO. Các khoản vay này thuộc diện miễn thuế theo các Hiệp ước và Thỏa thuận khung giữa Chính phủ Việt Nam với các bên.

Tại thời điểm ký kết, pháp luật không có quy định nào về việc phải làm thủ tục thông báo miễn thuế.

Tuy nhiên, đến cuối năm 2013, khi Thông tư 156/2013/TT-BTC ra đời với yêu cầu nộp hồ sơ thông báo trong vòng 3 ngày làm việc kể từ ngày ký, cơ quan thuế địa phương lại yêu cầu CICT phải có hồ sơ này mới chấp thuận miễn thuế.

Doanh nghiệp đã gửi văn bản kiến nghị lên Bộ Tài chính từ năm 2020 nhưng sau hơn 6 năm vẫn chưa nhận được câu trả lời dứt điểm. VACD nhấn mạnh, cách áp dụng hồi tố này vi phạm trực tiếp nguyên tắc áp dụng văn bản quy phạm pháp luật, đe dọa các cam kết quốc tế của Việt Nam và làm xói mòn niềm tin của các nhà đầu tư nước ngoài.

Dòng tiền của doanh nghiệp bị mắc kẹt bởi những thủ tục hành chính không cần thiết. Ảnh: Hoàng Anh.

Tương tự, CTCP Dịch vụ Hàng không Sân bay Tân Sơn Nhất (SASCO) đang chịu cảnh tồn đọng khoản tiền thuế giá trị gia tăng (GTGT) đầu vào rất lớn trong suốt giai đoạn từ năm 2016 đến giữa năm 2025.

Do hoạt động bán lẻ đồ ăn, quà lưu niệm trực tiếp cho hành khách tại khu cách ly sân bay không có hợp đồng bằng văn bản và chứng từ thanh toán ngân hàng, cơ quan thuế đã không chấp thuận hoàn thuế.

Mặc dù từ ngày 01/07/2025, Nghị định 181/2025/NĐ-CP đã tháo gỡ điểm nghẽn này khi bãi bỏ hai điều kiện trên, nhưng lại không có điều khoản chuyển tiếp cho giai đoạn trước đó. Hệ quả là số thuế đầu vào phát sinh trong quá khứ vẫn bị "treo".

Tình trạng thiếu đồng bộ trong giai đoạn chuyển tiếp còn thể hiện ở việc hoàn thuế GTGT cho các dự án đầu tư. Trong khi luật cho phép doanh nghiệp nộp hồ sơ hoàn thuế trong thời hạn một năm sau khi dự án hoàn thành, một số cơ quan thuế địa phương lại yêu cầu doanh nghiệp phải kết chuyển số thuế đề nghị hoàn trước khi dự án phát sinh doanh thu.

Nếu làm sau thời điểm này, doanh nghiệp bị coi là trễ hạn và bị tước quyền hoàn thuế. VACD đánh giá, sự giải thích này đã làm vô hiệu hóa tinh thần cải cách nhằm hỗ trợ dòng vốn đầu tư cho sản xuất.

Gánh nặng từ những thủ tục bị "hành chính hóa"

Một nhóm rào cản khác gây nhiều cản trở cho doanh nghiệp là việc thiết kế các quy trình nghiệp vụ mang nặng tính kiểm soát vi mô, tạo thêm gánh nặng công việc cho cả doanh nghiệp lẫn cơ quan quản lý nhưng không mang lại giá trị thực chất cho ngân sách.

Đơn cử, quy định kê khai thuế GTGT đầu vào đối với hàng hóa, dịch vụ mua trả chậm theo Nghị định 144/2026/NĐ-CP. Theo quy định này, nếu đến hạn thanh toán ghi trên hợp đồng mà doanh nghiệp chưa kịp chuyển khoản thì phải kê khai giảm ngay số thuế đã khấu trừ. Đến khi thanh toán xong, doanh nghiệp mới được kê khai tăng lại.

Thực tế thương mại cho thấy, việc doanh nghiệp chậm thanh toán vài ngày so với hạn trên hợp đồng do quy trình phê duyệt hoặc đối chiếu công nợ nội bộ là rất phổ biến. Có những trường hợp thời điểm đến hạn và thời điểm thực tế thanh toán đều nằm trọn trong một tháng tính thuế. Dù vậy, doanh nghiệp vẫn phải thực hiện hai bút toán giảm - tăng đối xứng trên cùng một tờ khai.

VACD nhận định, thủ tục này không làm thay đổi bản chất nghĩa vụ thuế nhưng buộc doanh nghiệp phải theo dõi thủ công từng hóa đơn, làm phát sinh chi phí nhân sự và gia tăng rủi ro bị xử phạt vi phạm hành chính một cách oan uổng.

Lãnh đạo và các thành viên VACD họp về các vướng mắc của doanh nghiệp cần tháo gỡ. Ảnh: Hoàng Anh. 

Tư duy quản lý cứng nhắc còn xuất hiện trong lĩnh vực quản lý lao động nước ngoài. Nghị định 393/2026/NĐ-CP quy định người nước ngoài vào Việt Nam làm việc ngắn hạn dưới 90 ngày được miễn giấy phép lao động. Tuy nhiên, nghị định lại cài cắm điều kiện nếu có phát sinh chi trả lương tại Việt Nam thì bắt buộc phải làm thủ tục xin cấp giấy phép lao động.

Quy định này triệt tiêu hoàn toàn ý nghĩa của chính sách miễn trừ. Quy trình xin cấp giấy phép lao động trên thực tế kéo dài từ 2 đến 3 tháng, tương đương hoặc thậm chí vượt quá thời gian làm việc của chuyên gia ngắn hạn. Chuyên gia có thể đã hoàn thành công việc và về nước trước khi giấy phép được cấp.

VACD chỉ rõ, nghĩa vụ bảo hiểm xã hội và thuế thu nhập cá nhân vốn đã được điều chỉnh độc lập bởi các luật chuyên ngành khác, do đó việc gắn việc trả lương với điều kiện xin giấy phép lao động là hoàn toàn không cần thiết.

Bên cạnh đó, việc Thông tư 20/2026/TT-BTC dùng cụm từ doanh thu "chưa trừ các khoản thuế phải nộp" khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) của nhà thầu nước ngoài cũng đang bị nhiều cơ quan thuế hiểu theo hướng gộp cả thuế GTGT vào doanh thu.

Cách tính này dẫn tới việc đánh thuế trùng, bởi thuế GTGT do bên Việt Nam nộp thay và được khấu trừ, không tạo ra bất kỳ khoản lợi nhuận nào cho nhà thầu ngoại.

Khoảng trống về hướng dẫn và định nghĩa kỹ thuật

Nhóm rào cản thứ ba bắt nguồn từ việc văn bản pháp luật đưa ra các điều kiện nhưng lại thiếu định nghĩa hoặc tiêu chí định lượng rõ ràng, dẫn đến tình trạng áp dụng tùy nghi tại các địa phương.

Vướng mắc của các doanh nghiệp như YKK, Hansol Electronics hay GIPT là ví dụ tiêu biểu. Khi xuất khẩu hàng hóa vào kho ngoại quan theo chỉ định của đối tác nước ngoài, các doanh nghiệp này bất ngờ bị áp thuế suất GTGT đầu ra 8% và từ chối hoàn thuế đầu vào.

Cơ quan quản lý viện dẫn lý do hàng hóa không đáp ứng điều kiện "tiêu dùng ngoài Việt Nam".

Tuy nhiên, khái niệm "tiêu dùng" trong khu phi thuế quan chưa từng được quy định chi tiết. Việc đánh thuế GTGT khi hàng vào kho ngoại quan, sau đó lại tiếp tục đánh thuế khi hàng hóa từ kho nhập ngược lại nội địa đã tạo ra rủi ro đánh thuế hai lần trên cùng một lô hàng, làm sai lệch vai trò của kho ngoại quan như một khu vực hải quan riêng biệt.

Tương tự, Công ty TNHH Đóng tàu HD Hyundai Việt Nam (HVS) nhập khẩu tại chỗ nguyên liệu để sản xuất và thực tế đã xuất khẩu 100% sản phẩm tàu biển ra nước ngoài. Thế nhưng hồ sơ hoàn thuế nhập khẩu của doanh nghiệp bị đình trệ vì hải quan yêu cầu phải chứng minh giao dịch với "thương nhân nước ngoài không có hiện diện tại Việt Nam".

Trong khi, tiêu chí thế nào là "không có hiện diện" và cơ quan nào có thẩm quyền xác nhận điều này lại chưa hề được hướng dẫn cụ thể.

Tình trạng thiếu định nghĩa cũng xuất hiện tại Nghị định 252/2026/NĐ-CP đối với "hoạt động kinh doanh dựa trên nền tảng số". Do thiếu tiêu chí phân định, ranh giới giữa một nền tảng số tự động và một dịch vụ truyền thống có ứng dụng email, website hay thanh toán trực tuyến đang bị xóa nhòa.

Sự mập mờ này khiến doanh nghiệp đối mặt với rủi ro áp sai cơ chế kê khai và sai lệch lớn về thuế suất, lên đến 10% đối với nhà cung cấp nước ngoài thay vì 5% đối với nhà thầu truyền thống.

Cần nhìn vào bản chất thay vì hình thức

Trước những ách tắc nói trên, VACD đề xuất các cơ quan quản lý nhà nước cần khẩn trương rà soát và tháo gỡ dựa trên nguyên tắc tối thượng: đánh giá đúng bản chất kinh tế của giao dịch thay vì bám víu vào các tiêu chí hình thức.

Đối với các vấn đề mang tính lịch sử, cơ quan thuế và hải quan cần chấm dứt việc hồi tố các thủ tục hành chính mới, đồng thời ban hành hướng dẫn chuyển tiếp cho phép giải quyết hoàn thuế đối với những hàng hóa thực tế đã xuất khẩu hoặc phục vụ hành khách xuất cảnh.

Đối với các quy định gây phiền hà trong kê khai định kỳ, cần bãi bỏ các thủ tục trung gian vô nghĩa và trả lại sự thông thoáng cho môi trường kinh doanh.

VACD khẳng định, việc sớm chuẩn hóa các định nghĩa pháp lý và dỡ bỏ các rào cản hành chính không chỉ giúp giải phóng hàng nghìn tỷ đồng tiền thuế đang bị ứ đọng, mà còn là giải pháp căn cơ để khôi phục niềm tin, bảo vệ môi trường đầu tư kinh doanh minh bạch và bền vững của Việt Nam.