Bộ Tài chính sau hợp nhất giữa Bộ KH&ĐT và Bộ Tài chính có 35 đầu mối, với số biên chế là 69.405 công chức, 17.656 viên chức, nhiều nhất khối Chính phủ.
Theo Bộ trưởng Phạm Thị Thanh Trà, các bộ sau khi hợp nhất đều giảm đầu mối so với trước
Ban Chấp hành Trung ương Đảng đã thông qua phương án sắp xếp, tinh gọn tổ chức bộ máy của hệ thống chính trị. Đối với các cơ quan của Chính phủ, hợp nhất 10 bộ thành 5 bộ, đồng thời tinh gọn bộ máy bên trong và các tổng cục cũng được sắp xếp lại.
Tại Chỉ thị số 03/CT-BTC, Bộ trưởng Bộ Tài chính yêu cầu Ban Chỉ đạo 389 Bộ Tài chính, Tổng cục Hải quan, Tổng cục Thuế tổ chức triển khai toàn diện các giải pháp, nhiệm vụ về công tác chống buôn lậu, gian lận thương mại và hàng giả; kịp thời phát hiện và xử lý nghiêm các hành vi vi phạm.