Ngoài vai trò là nơi chiêm bái, chùa Mulagandha Kuti Vihara còn lưu giữ xá lợi Phật, phần tro cốt được khai quật tại Piprahwa vào cuối thế kỷ XIX, từng được chia cho dòng họ Sakya sau lễ trà tỳ Đức Phật (Wujastyk, 2013).