Ban Quản lý các khu chế xuất và công nghiệp Cần Thơ trên cơ sở hợp nhất Ban Quản lý các khu chế xuất và công nghiệp Cần Thơ (cũ), Ban Quản lý các khu công nghiệp tỉnh Hậu Giang (cũ) và Ban Quản lý các khu công nghiệp tỉnh Sóc Trăng (cũ).