Đá rơi trong quá trình đơn vị thi công đang gia cố hầm đường sắt qua Quảng Bình khiến 5 chuyến tàu chở khách và 3 chuyến tàu hàng Bắc – Nam phải dừng chờ nhiều giờ.
Mưa lũ và ảnh hưởng của hoàn lưu cơn bão số 7, áp thấp nhiệt đới từ ngày 16/10/2020 đến 19/10/2020 đã gây hư hỏng nhiều vị trí kết cấu hạ tầng trên tuyến đường sắt Bắc Nam qua các tỉnh miền Trung. Mặc dù đã thông tuyến, nhưng Tổng công ty Đường sắt Việt Nam chỉ đảm bảo khai thác tàu chạy chậm từ 5-15 km/giờ; đồng thời, tập trung khắc phục các sự cố.